经济管理学院的前身是南京电力高等专科学校管理系，创建于1978年。

2000年南京机械高等专科学校与南京电力高等专科学校合并组建南京工程学院，原南京机械专科学校计算机与管理系的经管类专业并入原南京电力高等专科学校管理系，成立南京工程学院经济管理系。  

2001年，原南京工业学校并入南京工程学院，2003年进行院系调整，原南京工业学校财经系并入经济管理系。

2006年，更名为经济管理学院。

2012年，更名为“经济与管理学院”。